Mission: Cross erzählt die Geschichte von Kang-mu, einem ehemaligen Geheimagenten. Dieser führt mittlerweile ein beschauliches Leben als Hausmann. Seine Frau Mi-seon, eine erfahrene Hauptkommissarin im Bereich Gewaltverbrechen, weiß nichts von seiner Vergangenheit. Als Kang-mu seiner ehemaligen Kollegin Hee-ju bei der Suche nach ihrem vermissten Ehemann hilft, findet er sich ungewollt in der Welt der Spionage wieder. Mi-seon hat für sein Verhalten nur eine Erklärung: Ihr Mann muss ihr untreu sein. All das mündet in einer ganzen Reihe von Missverständnissen und turbulenten Abenteuern.